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演化中性理論全稱為分子演化的中性理論，簡稱為中性理論。是日本遺傳學家木村資生在1960年代後期到1970年代早期所提出的一種演化理論。
這個理論認為在分子遺傳學的層次上，基因的變化大多數是中性突變，也就是對生物個體既沒有好處也沒有壞處的突變。由於中性突變並不受自然選擇影響，因此中性理論也曾被認為是與查爾斯·達爾文的自然選擇理論處於競爭狀態。
不過現今的演化生物學家認為，自然選擇理論與中性理論是能夠並立且互補的。例如木村資生本人便曾在1986年說：「此理論並不否認自然選擇對於適應演化上的方向決定」。
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